Até 1549, as rendas das Capitanias Hereditárias não eram cobradas regularmente, por falta de uma infra-estrutura adequada, por isso, D. João III, rei de Portugal, determinou que se criassem no Brasil tantas alfândegas quanto necessário. Assim, quando Thomé de Souza aportou em São Vicente, em fevereiro de 1553, já encontrou estabelecida a Alfândega construída por Brás Cubas.

Em Santos foi fundada em 1550, pelo provedor-mor da Fazenda Real, Antônio Cardoso de Barros, que também implantara a primeira, na Bahia, e a segunda, em São Vicente. Em fevereiro de 69, a Alfândega de Santos passou a se chamar Delegacia da Receita Federal, mas a antiga denominação ainda vigora nas conversas informais. O primeiro prédio a abrigar a Alfândega santista ficava próximo ao de agora.

Em 1570, com o desenvolvimento do bairro do Valongo, passou a funcionar em um casarão da praia (cais), em frente à atual Rua Riachuelo. Depois esteve em vários outros locais: um barracão na rua que atualmente corresponde à Frei Gaspar; o antigo Colégio dos Jesuítas, na atual Praça Antônio Teles, demolido em 1877; um quartel militar; e um prédio inaugurado em 1880 exclusivamente para seu funcionamento.

Para a construção deste, o Tesouro Nacional firmou contrato em 1876 e os trabalhos foram supervisionados pelo engenheiro Manuel Ferreira Garcia Redondo, o mesmo que construiu o Teatro Guarani. Enquanto era erguido, a Alfândega permaneceu provisoriamente instalada em um armazém da Companhia Docas. Em 1930, tiveram início as obras do edifício atual, que já passou por ampla reforma em 83. À inauguração compareceram os então ministro da Fazenda, Artur de Sousa Costa, e da Viação (Transportes), Marques dos Reis.

Fonte: http://www.santos.sp.gov.br/comunicacao/historia/alfandega.html