Mongaguá fez parte da Capitania de São Vicente, por consequência da 1ª Cidade do Brasil fundada por Martin Afonso de Souza em 1532. Eram constantes as passagens de mensageiros do Imperador com correspondências para Cananéia e Itanhaém.

Emissários de Martin Afonso de Souza, capitães de mato e jesuítas, encontravam em Mongaguá o local de descanso para as suas viagens. O rio Mongaguá castigava os colonizadores com febres e esses só podiam valer-se das folhas e raízes indicadas pelos nativos. 

Neste período, as terras que hoje fazem parte de Mongaguá foram retalhadas em sítios onde a principal atividade agrícola era o cultivo da banana. 

Em 1776 o sítio Mongaguá foi arrematado pelo Coronel Bonifácio José Ribeiro Andrada, pai de José Bonifácio o "Patriarca da Independência". 

No século XVI, os habitantes de Mongaguá eram os índios Guaranis. Habitavam em suas tendas às margens dos rios Aguapheú e Mongaguá, onde a pescaria era farta. 

O nome Mongaguá foi dado por eles e significa "Água Pegajosa". Mongaguá teve outros nomes: Terra dos Santos Milagres e Terra dos Padres. 

O capineiro Fernando Arens Júnior, em 1910, construiu o Hotel Balneário Marinho onde se hospedaram pessoas ilustres como Rui Barbosa e Ademar de Barros. No período da Revolução de 32 adaptou salinas enfrente ao hotel, a qual abasteceu a Capital Paulista. Sal esse levado pelos índios através da Mata Atlântica pelos índios da aldeia Aghapheú. 

Projetou o ramal ferroviário da estrada de ferro Sorocabana e doou os terrenos onde a ferrovia haveria de passar e os terrenos para a construção da Igreja Matriz Nossa Senhora Aparecida, Colégio Aracy da Silva Freitras, Ginásio de Esportes Jacob Koukdjian. 

Em 1911 fundou a Companhia de Melhoramentos da Praia Grande. A missa de 7º dia em intenção à sua alma, foi celebrada no Poço das Antas. 

Em 07 de dezembro de 1958 aconteceu o plebicito para a aprovação da emancipação política de Mongaguá. Foram 122 votos a favor e 4 contra. 

O governador Jânio da Silva Quadros assinou a lei quinquenal em 31 de dezembro de 1958 criando o Município de Mongaguá, a qual passou a ter efeito em 1º de janeiro de 1959. 

Em 1977 Mongaguá foi elevada à categoria de Estância Balneária. O Brasão foi criado pelo português Antônio Martins Araújo, esposo da 1ª vereadora mulher da Cidade dona Dina Belli.

A Bandeira foi instituída e hasteada pela primeira vez em 05 de Janeiro de 1960, pelo então prefeito José Cesário Pereira Filho.